So wie ich das sehe liegt der Bug darin das beim Wiederaufladen des Chakra die ausgegrauten Fähigkeiten nicht wieder freigegeben werden.
Zur Überprüfung könntest Du in einem Testkampf, zum beispiel gegen Kakashis Doppelgänger, beide Opaks erst nach dem Standardangriff des Main einsetzen. Wenn beide eingesetzt werden können ist die Identifizierung des Fehlers 100%ig sicher.