Konohamaru Sarutobi ist im Prinzip ein Waisenkind, denn seine Eltern sind nirgendswo erwähnt. Selbst in der Naruto next Geneartion Saga mit Boruto und Co wo konohamaru das Team 7 trainiert, ist bislang noch nicht erzählt worden wer seine Eltern sind oder wie sie überhaupt heißen.

Sein Großvater ist Hiruzen Sarutobi (der dritte Hokage), deswegen nannte man Konohamaru als Kind immer wieder "ehrenwerter Enkel".

Seine Großmutter ist Biwako Sarutobi (Hebamme die bei Narutos Geburt getötet wurde) und sein Urgroßvater Sasuke Sarutobi (Namensgeber von Sasuke Uchiha, da Mikoto Uchiha,die Mutter von Itachi und Sasuke ihm diesen Namen gab).

Sein Onkel ist Asuma Sarutobi der durch Hidan getötet wurde.

Konohamarus einzige noch lebende Verwandte ist seine Cousine Mirai Sarutobi (die Tochter von Asuma und Kurenai)

Konohamaru und Mirai sind somit die letzten Überlebenen des Sarutobi-Clans.

Für Konohamaru war Naruto immer so etwas wie sein Großer Bruder, später dann sein Lehrmeister und Rivale.

Nach dem Tot von Naruto wird Konohamaru übrigens der achte Hokage und macht später nicht Boruto sondern Sarada zum neunten Hokage.